L'Équipe Minato après la destruction du Pont de Kannabi
La Troisième Grande Guerre Shinobi commença peu après la disparition du Troisième Kazekage. Suna, obsédé par le désir de retrouver son plus puissant Kazekage disparu, devint vulnérable et attisa les convoitises des pays voisins. Konoha et Iwa commencèrent à s'opposer à Kusa. La guerre tourna en faveur de Konoha suite à la destruction du Pont Kannabi. La troisième Grande Guerre est aussi connu comme la plus meurtrière de toutes. Dans Naruto Shippûden, on découvrit que c'est Sasori, un ancien ninja de Suna et membre de la dangereuse organisation "Akatsuki" qui a tué le Sandaime Kazekage et en a fait, sa plus puissante marionnette. Minato est celui qui a mis fin à la troisième Grande Guerre Ninja en abattant à lui seul, une cinquantaine d'ennemis (Iwa) au front (sans compter la dizaine d'ennemis qu'il vainquit lorsqu'il sauva Kakashi), alors que Konoha n'avait que 4 ninja encore vivant. La destruction du Pont de Kanabi a totalement mis fin au ravitaillement du village d'Iwa et la 3e Guerre Ninja en faveur de Konoha.
Minato Namikaze devint un héros durant cette guerre car c'est pendant cette guerre qu'il fût craint comme le légendaire "Éclair jaune de Konoha" bien qu'il fût déjà très connu avant cette guerre. Kakashi Hatake, promu Jônin, reçut un Sharingan de la part d'Obito Uchiwa durant la mission de destruction du Pont de Kannabi, et devint connu en tant que "Kakashi le ninja copieur". Itachi Uchiwa fut traumatisé par la violence de cette guerre et grandit en développant un pacifisme obsessif qui le conduira plus tard à aller jusqu'à massacrer son propre clan pour conserver la paix.
À Ame, Yahiko, Konan, Nagato ainsi que de nombreux autres ninjas formèrent un groupe destiné à défier Hanzô. Celui-ci, craignant d'être renversé, demanda l'aide de Danzô Shimura et sa Racine, division secrète de l'Anbu, mais malgré cette alliance, les évènements finirent par le dépasser : cet affrontement résulta en le massacre des ninjas d'Ame et de la Racine présents, la mort de Yahiko et la fuite de Hanzô.
C'est pendant cette guerre que le Sandaime Raikage a trouvé la mort face à une armée de 10 000 ninjas dont il combattit seul, pendant 3 jours et 3 nuits pour laisser le temps à ses coéquipiers de s'échapper